脸上有伤疤的貌似赤井秀一的男人不是赤井秀一，而是组织成员“波本”假扮的；因为“波本”不相信赤井秀一已经死了，想通过假扮他来引赤井秀一现身~
“波本”的真实身份在漫画主线神秘列车系列中已经揭晓；是TV667集初登场的安室透；
组织成员“波本”；是在后面的动画TV667集中出场的一位新人物安室透；
在餐馆打工的神秘侦探，拜毛利小五郎为师，一直在秘密调查窥探；
在漫画神秘列车篇中已经正实是组织的高层人员波本。一直以来酷似赤井秀一的“伤疤男”也是他假扮的；
在漫画FILE852 赤井秀一的信息中；
贝尔摩得与安室透（波本）化妆成案件知情人混入柯南与茱蒂身边，窃听到了关于柯南帮助FBI的事情以及赤井秀一“殉职”的相关细节······
柯南的身份在波本那里已经暴露，预计波本将把注意力从雪莉那里转向柯南······
这时引出赤井秀一，是不是代表他离“复活”之日不远了呢······
一切谜团还要看以后的发展······
至于冲矢昴；他肯定不是波本；因为波本已经另有其人了；
我认为他是赤井秀一的可能性很大；截止到目前为止，也没有任何证据证明冲矢昴是黑衣组织的成员；
由于波本的真实身份已经确定是安室透，所以冲矢昴是组织成员的可能性已经很低了；从灰原哀对冲矢昴的反应来看，曾经在组织卧底过的赤井秀一目前比较符合这个人物表现出来的特点；
而且雪莉（灰原哀）虽然在刚一开始见到冲矢昴的时候有组织反应，但是惧怕的感觉后来逐渐消失了。在最新的动画剧情中，灰原哀觉得冲矢昴的一些言行很像赤井秀一，并且对他产生了极其浓厚的兴趣······
冲矢昴在TV509初登场，当时的大主线篇刚刚完结，FBI王牌赤井秀一疑似殉职；
基尔反潜伏进组织，传出了组织的新成员波本的消息；所以很多人一直认为冲矢昴就是波本。
但是柯南对他很信任，让他住进工藤宅，并且在将近200集的内容中渐渐地接近主线·····
冲矢昴的身手和车技很强，推理能力和柯南不相上下，所以有的人觉得冲矢昴就是失踪的赤井秀一易容的。
在漫画大主线神秘列车篇中冲矢昴参与其中，并且睁开了眯眯眼——就是赤井秀一的眼睛，更加坚定了这种说法。
但是漫画里还没有确实表明他的具体身份。但是在漫画FILE814话中，冲矢昴已经知道了柯南的真实身份；他一定是一个非常重要的主线人物······希望可以帮到你！~哟问题请追问~
这都什么年代了，消息也太滞后了吧，竟然还有人还认为阿笠博士是boss，以下是本人看到的一篇文章，并加上自己的理解（括号中的部分）的最新解析，青山说过boss已出现过了。
首先肯定boss是一个绝顶聪明人。以下例举？
工藤优作、本堂瑛佑（大智若愚）、黑羽盗一（失踪）、黑羽快斗、赤井秀一（生死不明，估计装死）、“灰原哀、妃英理”（都勉强够格）、琴酒、贝尔摩德，毛利小五郎（也许装傻），阿里博士（呼声最高），詹姆士探员，服部平次，白马探．
（以上不完全，补充远山刑警（远山和叶的爸爸）、波本，Mr正影（案件中提到的失踪名魔术师,可能与盗一有关），工藤有希子、白鸟任三郎、常盘荣策（TV 425 中组织暗杀目标的政敌） ）
谁绝对不可能？
本堂的父亲被组织杀害，且极不熟知内情，否则不会冒失的到医院找他姐姐，排除。
快斗只是个高中生，心理也不阴暗，成立不了那样恶贯满盈的组织，排除。
赤井，生前一直是组织的大敌，排除。
灰原千方百计脱离了杀害她姐姐的组织，排除。
妃英理，女人宠爱女人（苦艾酒），基本上不可能，PASS。
毛利小五郎，差点被gin杀掉。排除。
阿笠博士，但在<<侦探的镇魂歌>>当中,博士在ID炸弹即将爆炸时的一句话,证明他并非首脑 （我自己的补充：有人说阿笠的罗马音拼法类似《福尔摩斯》中的大反派莫里亚蒂教授的姓名。这是不正确的。莫里亚蒂的拼法是:Moriarty,日文拼出来则是モリアーティー，而阿笠博士则是Agasa，假名拼出来则是 アガサ。注意日文中人名写法和中文是不一样的，即阿笠的笠不是这么写的）
琴和贝尔摩德都是成员，BOSS应该不会自己出马执行任务，贝尔摩德更是将兰视作自己的天使，并存在着叛变组织的倾向，把柯南看作银色子弹，排除。
服部平次，感觉都不像。而且他曾经出现在GIN等人的面前，GIN没有反应。
白马探，常年不在日本。贝尔摩的给boss发邮件的事情证明，boss在日本，所以也基本可以排除。 （这点过于牵强，因为优作也长期在美国，照此优作一样不成立，但也认为他不可能）
还剩下谁？
工藤优作
推理能力远在新一之上，目前看来是柯南中最高智商的人。
作为作家自由支配的时间很多，有时间管理组织。
组织磁盘中有以他作品主人公命名的"暗夜男爵"病毒。
他的妻子有希子是组织成员苦艾酒的好友
柯南每每能够在与组织对抗的绝境中不可思议的逃生，是不是因为组织成员得到优作的授意不得伤害柯南呢？
还有最大的疑问，灰原哀说过：你（新一）早在50年前，就在组织的计划中。50年轻新一还没出生，唯一的解释就是和优作有所关联。
（但我认为不可能 ，就凭一点，琴酒见过boss，工藤优作有这么有名，他不可能不知道他儿子新一，工藤优作是boss的话，从第一个故事就说不通，那毒药虽能变小不致死，但也是千分之几的概率，琴酒连boss的儿子也干杀，不是不要命了，就是优作允许的，但如果优作允许那柯南现在还会活着吗，还有这样做又有什么好处呢，同理有希子一样不可能是boss，记住分析时不要光被暗示所迷惑，而忘了分析对当事人来说，这做到底有什么好处。但这个人很可能与优作关系相当密切。）
黑羽盗一（个人认为盗一可能性极大）
他是宠爱贝尔摩德的，否则不会只教给她变声术，却不教有希子。
boss的邮箱，和‘七个孩子’这歌有关。其信息指明了乌鸦，乌鸦的羽毛自然是黑羽。 而且，有一个细节可以参考。在‘奇异屋宇的大冒险’这一集的开头发现boss邮箱秘密，而在这一集的结尾，怪盗基德（我估计很可能就是盗一，父子像嘛，但这样柯南没被组织发现似乎又说不通了）意外现身，或许是青山有意埋下的伏笔。
在漫画《魔术快斗》的第一集中，黑羽快斗在17岁发现父亲的密室,知道了父亲的秘密而且一个明显的问题，盗一是被杀死的,那为什么会有这个密室里面那盒说明自己基德身份的磁带难道盗一未卜先知,知道自己会被人杀了,所以提前做好准备 （我认为这是有可能，盗一本来就聪明，就算发现自己被盯上可能死去留下遗嘱，也说得通，但关键是下一条）
基德所要对抗的那个组织如果和柯南寻找的黑衣组织是同一个。那么问题就再次出现，组织的一贯以心狠手辣，却放过了快斗，而且快斗要找的宝石，组织也在找。而且该死了八年的怪盗，再度复活，组织居然无动于衷，让人费解。（这一条个人认为最重要）
怪盗基德被称之为‘平次时代的亚森罗平’。亚森罗平是莫理斯·卢布朗笔下的侠盗。而在《怪盗亚森罗平》中， 他的父亲泰奥弗拉斯特·罗平并不像儿子想象的那样是个正人君子。（牵强）
在“工藤新一小时候的冒险”中，我们发现黑羽似乎是个很冷冽的人，鬼鬼祟祟潜入图书馆，给新一下战书，并用匕首把战书钉在墙上，确实诡异。（这可能也就合理解释了灰原哀说的：“新一你早在50年前，就在组织的计划中”的那句话。盗一可能很早就想看看优作的儿子会是怎样的，但为何要这么做呢，？）
工藤优作是盗一的朋友，推理能力之高。却在盗一死后八年仍没找出其死亡真相，难道另有隐情？
盗一一开始就很少正面出现，73（青山）也未明确盗一已死，只是失踪，漫画《魔术快斗》里，说快斗的父亲是因为黑衣组织才销声匿迹，可能他通过这个组织把自己隐藏起来。
个人认为盗一可能性极大的重要原因，其实是依据多年看漫画的经验，像柯南这种漫画，boss一般要编的出彩，又要合情合理，有以下几个规律，
1对读者来说印象深刻，基本都知道
2读者对他似乎都有所了解，但仔细一想基本就是什么都不了解，了解的基本都是从他人口中叙述出来的东西，都非其直接形象
3如果假设此人是boss，你会发现仍然猜不出他的作案意图，但又似乎怎么编目的都说得通，这是因为从给你的条件中真正对他特性发生限制因素很少
我自己的补充：
詹姆士探员
作为赤井秀一和朱蒂的上司，詹姆士也有奇怪的地方。例如他初登场时，柯南注意到他的名字和莫里亚蒂教授同名且生于伦敦，同时又来自曾经黑帮横行的芝加哥，而姓氏恰恰是英语的单词"黑"（全名James Black 詹姆士布莱克）。之后詹姆士也有一些奇怪的行为。（但我觉得这基本不可能，除非赤井秀一完全不受这位上司的的管理，否则赤井不知死多少次了，但你认为这可能吗）
还是我那句话，分析boss时不要光被青山提示的暗语所迷惑，而忘了分析最重要的部分，他这样做到底有什么好处，这你的思路会清晰很多。
第1集 云霄飞车杀人事件
会现场发生山崎总经理被害事件。解决这个事件的是以福尔摩斯式的推理能力而声名大噪的高中生侦探——工藤新一。在和青梅竹马的毛利兰一起去游乐园玩、乘坐云霄飞车时一名男子惨遭杀害……
（工藤新一的初登场！）
第48集 外交官杀人事件(前篇)
突然有个关西名叫服部平次的人来到小五郎的事务所。这时正好有委托人上门。外交官官邸发生离奇的密室杀人事件。服部平次收集了密室杀人的证据并据此推理，逼出凶手。此时柯南因为感冒病重倒下了
第49集 外交官杀人事件(后篇)
正当凶手自己承认时，有个声音说“凶手不是他!”——而说话的竟然是消失多时的工藤新一!他指出了服部的推理错误，揭示了真正的凶手!可是，在这之后，工藤新一又一次消失了……
（柯南喝了白酒第一次变回了工藤新一）
第162集 空中的密室（1小时特别篇）
阿笠博士抽奖抽中了旅行券，小五郎、小兰和侦探团去了冲绳，在飞机上小兰梦见了以前和新一去洛杉矶的飞机上发生的杀人事件。那么这就是最初的一页……
（工藤新一的初次案件推理！）
危命的复活系列
第188集 生死一瞬间-侦探队洞窟探险记
和阿笠博士去露营的少年侦探团们。柯南他们去拾柴，发现了一个山洞，进去一看碰到了正在搬运尸体的可疑男子。柯南被犯人的枪射中了。
第189集 生死一瞬间-负伤的名侦探
把重伤的柯南背在背上的侦探团们根据洞里的暗号开始寻找出口。好容易找了出口后，犯人追了出来被正好赶来的目暮警官们带走了。柯南被迅速送到了医院。小兰确信了柯南就是新一。
第190集 名侦探遇害记-第三个选择
柯南正在为是否告诉小兰自己的真相而烦恼时，当天夜晚，灰原出现在了柯南的病房并把枪口对准了柯南！同时小兰的学校正在准备文化节，柯南也去看了小兰主演的话剧。但是观众中的一个男子突然倒下死了。
第191集 名侦探遇害记-黑衣骑士
在小兰主演的话剧的表演中，发生了杀人事件。目暮警官认为被杀害的蒲田的饮料中被他的同伴们下了毒，但是从现实情况来说准备断定是自杀。此时出现了意外的人物！
（柯南吃了灰原制作的药变回新一）
第192集 生死一瞬间-新一回来了
变回原来的身体的新一回到原来的生活的时候，在米花中心大厦的了望餐厅邀请兰吃晚餐。晚餐时听说在餐厅的电梯里发生了杀人事件的新一对兰说“马上回来”，奔向了案发现场。
第193集 生死一瞬间-约会的地点
新一明白了在米花中心大厦的电梯里杀害社长的犯人，但是身体开始发生变化，另一方面小兰在了望餐厅一个人等着新一的回来。
第219集 名侦探大集合 工藤新一VS怪盗基德
打算拿取铃木财阀的黑珍珠BLACK STAR的怪盗基德，想起了以前关于钟台的一个事件。另一方面，小五郎的事务所里受到不明发信人的信函，而且里面装着支票。小五郎带着小兰、柯南一起到了“黄昏之馆”。“黄昏之馆”是大富翁乌丸莲耶的别墅，一同被招待的还有其他名侦探。而后开始了在馆中寻找财宝的游戏。但侦探在一个一个消失。最后留下来的侦探是？召集侦探们的犯人的真实身份是？
第286集 工藤新一New York 事件(事件篇)
柯南解决了横滨中华街的事件，但小兰发起高烧病倒了。在意识恍惚中，小兰的脑海中浮现了带着黑帽子的男子赤井、新一、及美国女演员莎洛比亚德的形象。
第287集 工藤新一New York 事件(推理篇)
小兰想起了以前是在纽约，自己和新一遇见莎洛比亚德并遭遇到事件的时候见过赤井。那是2人前去见住在美国的新一父母时候的事情。
第288集 工藤新一New York 事件(解决篇)
新一的妈妈有希子开着“美洲豹”疾驰在纽约的街头。她拿到了在百老汇好评如潮的音乐剧《金苹果》的入场券，正赶往剧场前去观看。
（小兰回忆三年前和新一去纽约度假）
第345集 与黑暗组织直面对决—满月之夜的二元推理
毛利侦探事物所突然收到一封假面宴会的邀请函。工藤新一也收到了同样内容的挑战书。而且里面还有一封“给江户川柯南”的信。毛利小五郎接受了挑战和园子一起来到了设在幽灵船上的宴会场。那里出现一名自称工藤新一且化装成透明人的男子。在船上宴会主办者“幽灵船长”被杀了。同时灰原也面临着前所未有的危机…
（“新一”出现，但不过是服部平次假扮的）
521 杀人犯、工藤新一
收到自称屋田诚人寄来的关于1年前工藤新一所破解的杀人事件的推理存在疑点的信的平次，约上小五郎、柯南、小兰、和叶前往东奥穗村。平次等人在拜访村公所的时候，柯南则独自一人进入了森林。原来随信还有附寄给新一的一封信，约在山中小屋见面。此时，柯南突然感到莫名的痛苦。原来柯南在感冒后，从阿笠博士那里得到的药，居然是小哀研究出的APTX4869的解毒剤的试制品。小兰等人为寻找柯南，进入森林，却意外与新一相见。但是，新一因丧失记忆，甚至连小兰都忘记是谁了…。
522 新一的真相隐藏于小兰的眼泪之中
为了找寻丧失记忆的新一而走入森林的小兰，在撞见死罗神后滑落悬崖昏迷过去。此后，平次等人在山中小屋发现了不知去向的小兰。平次发现了化妆用的白色假发，认定这个小屋的主人就是死罗神。随后在小屋内发现了被粉碎地劈开的新一的照片和零乱的镜子碎片的平次，参透了事件的真相，让城山召集大家到泷德家。然后，平次开始在大家聚集的泷德家进行解谜。原先认定新一不可能刺杀他人的平次，却清楚的断定新一正是那刺入他人要害的真凶…
523 真正想问的事
在高速公路上驾车行驶的古城郡平被人勒死了。但是车子依旧在古城的驾驶下行驶着。嫌疑犯是沟端理子，忠田笃男，下鸟太志3人。理子是古城的女友，忠田是与古城率领的暴走族队伍对抗的另外一只队伍的领队。下鸟则是不久前因交通事故而死的古城队伍的队员彰的父亲。就在新一和平次共同识破犯人诡计的时候，却感到要变回柯南的前兆袭来…。
（柯南误吃了阿笠博士给的灰原制的药，惊险之际变回新一，千钧一发时，差点被识破，好在灰原和博士赶来解了燃眉之急）
柯南剧场版
第3部 世纪末的魔术师 星之光芒
罗马王朝的皇室秘宝－回忆彩蛋，将在大阪铃木财团美术馆内展出的同时，怪盗KID寄出「犯案预告信」准备夺取这无价的皇家艺术之宝，于是铃木会长要求小五郎协助警方侦查，以防彩蛋被窃取。柯南一行人来到大阪，遇到服部平次，便一同侦查此案。在美术馆遇到了苏联大使馆的书记、珠宝美术商、罗马王朝研究家、职业摄影师等人。
看完彩蛋，大家便解读预告信线索，不料将时间、地点都解读错误。而KID窃听到彩蛋被转移了。在疏于防备的情况下，KID 成功地找到了回忆彩蛋。虽然柯南已经发现了KID的行动，看还是晚了一步。KID在逃离途中，却被神秘的杀手狙击，坠海失踪，生死不明。 柯南以新型滑板追踪，夺回彩蛋。与此同时从国外回来的香阪夏美**，从祖母的遗物中发现彩蛋的原稿图与实物不同。
柯南看了原稿后，认为彩蛋有两颗，而在彩蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所盖的城堡，所以大伙儿及对彩蛋虎视眈眈的研究者决议要去此城探索 ，找寻第二颗彩蛋。在返回东京的船上，摄影师寒川被杀，而且和KID相同是被击中右眼。木暮带着白鸟赶到，调查后柯南发现凶手可能是职业杀手史考兵。而白鸟却几次揭穿柯南的提示，使小兰对柯南的身份起了怀疑。
到达东京后，大家前往城堡，阿笠博士为了送做给柯南强化的眼镜，与灰原哀 也一同出发至城堡，不料少年侦探团也藏身在车上跟踪而行。在城堡中，柯南意外发现通往地下室的通道，在秘道中珠宝商干被杀。而其他人在一个棺木中发现了第二个蛋，并明白了回忆之卵的真正含义。
但专门狙击人右眼的神秘杀手「史考兵」也在人群之中…… 他再次行动，目标是小五郎和小兰，刺杀失败后凶手抢走了彩蛋，并想烧毁城堡。柯南追赶凶手，在熊熊大火中，凶手露出了她的真面目……柯南在白鸟的帮助下逃出了火海。回家后小兰对柯南(新一)的真实身份再次起了疑问，正当柯南要说出真相时，KID假扮的新一出现了，帮柯南解了围……
（新一被怪盗基德识破了身份哦！）
第7部 迷宫的十字路
在东京有个“西国立市”神社，那里有三名可疑男子在密谈。突然有个戴着老翁面具的黑影男人出现，用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害。与此事件同时，大阪，京都也相继发生了杀人事件。
根据搜查的结果，警视厅发布，被杀的5人都是往返东京大阪京都三大城市盗窃著名佛像和美术品的盗窃集团成员。他们似乎是以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名，首脑化名“义经”，部下以“弁庆”为首，各自以家将姓名相称。是对盗窃集团怀恨之人所为吗？还是内部分裂而杀人呢？警视厅对犯罪动机也没有掌握有力的线索…… 一方面，小五郎带着柯南，兰，园子到访京都。在由绪的寺院——山王寺的住持告诉他们，8年前国宝级的佛像被盗走了，委托他们解读可以判断佛像藏匿地点的迷样的画像。
柯南从佛像被盗的事情怀疑是盗窃集团所为，事件开始向破解的方向进展。但很快，在他到达义经弁庆的传说流传的make by whyarmy历史遗迹——最著名的京都五条大桥开始追寻时，有个手持竹刀的男人突然来袭！ 在京都的五条大桥上，高个男子弁庆挥起长刺刀，牛若丸刀直劈而下！在栏杆上瞬间闪过的柯南惊奇的看到那个男子！那个男子竟是与工藤新一并称的西部高中生侦探-服部平次。平次是知道柯南的真实身份就是工藤新一的少数几人之一。他也是为了追寻在大阪发生的盗窃集团成员被杀事件的真相到了京都。总是在较劲的柯南与平次这次为了查出事件的真相而戮力合作。
但是，两人身边有个戴着老翁面具的黑影男人！ 在绵密交织的京都十字路口上，隐藏于历史暗影中的谜团与陷阱向柯南等人袭来！棘手案件与敏锐推理，友情与恋爱……
（柯南问灰原要了药，变回新一，代替服部去见盗窃集团成员）
柯南OVA 1 柯南VS基德VS Yaiba宝刀争夺大作战
有一天，柯南从学校放学回家，到家时小五郎正接见一位少女，令人惊讶的是，少女家中有一把名贵的宝刀，但是却被KID盯上发出了**的预告信。少女的名字叫做峰清，而且，与小清同居的少年，就是铁剑！要**宝刀的KID，为宝刀死守的铁剑，还有峰清所委托而来的柯南，宝刀到底会鹿死谁手？由此展开一场宝刀争夺大战。。。。结果却是梦一场
（爆笑的一集，柯南梦中的“奇遇”，变回新一）
柯南OVA 9 十年后的陌生人
柯南发了高烧，刚好灰原哀发明了新的APTX4869的解药，柯南服下后，便晕过去，梦见了十年后自己的生活：兰和原子早已是成年人，自己则和昔日的少年侦探团的成员步入高中，还创办了侦探俱乐部。而柯南却不记得这十年间发生了什么事，问哀，她告诉柯南由于近5年来柯南不断服用APTX4869的解药，导致体内产生抗体，所以就再也没有没有变回过工藤新一，而失忆恐怕是午休时造成的……当得知新出医生向兰求婚后，柯南便到处去找兰（因为兰去了以前和新一去过的地方重温曾经那段快乐时光了），在晚上时，柯南找到了兰，而兰坚强地说：“反正已经等了10年了，再等10也无所谓……”虽然得知兰不会答应新出的求婚，但柯南还是要说出自己的真实身份。诧异的是，兰已经不再相信柯南就是工藤新一了……大概就在这里，柯南从梦中醒来，一切又回到了现实……
（柯南做梦梦到十年后的自己，感情丰富的一集啊！!!)
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