分离原理是叶绿体中的四种色素在层析液中的扩散速度不同，如果采用丙酮作为层析液的话各种色素分子在其中溶解度差别不大，扩散速度也不存在明显差异那么就没有办法达到分离各种色素的目的。
叶绿体中的色素都能溶解于有机溶剂中，如：丙酮（酒精）等。所以可以用丙酮提取叶绿体中的色素。
叶绿体中的四种色素在层析液中的扩散速度不同，层析液的主要成分是石油醚，石油醚是一种脂溶性很强的有机溶剂，叶绿体中的四种色素在石油醚中的溶解度不同：溶解度最高的是胡萝卜素，它随石油醚在滤纸上扩散得最快；叶黄素和叶绿素a的溶解度次之；叶绿素b的溶解度最低，扩散得最慢。这样，几分钟后，四种色素就在扩散过程中分离开来。
层析液是生物学中，植物光合作用分辨色素的的一种液体。或者是化学中用于萃取的液体。
层析液的作用是溶解样品，作为样品的载体。
原理: 溶解度大的物质在滤纸上扩散得快，离液面较远；溶解度小的物质在滤纸上扩散的慢，离液面较近。
层析液的作用是溶解样品，作为样品的载体。例如，要分析A物质和B物质将其溶解于层析液中，由于是不同物质，其溶解能力和移动速度是不同的，所以可以在薄层板中得到明显的现象。溶解度大的物质在滤纸上扩散得快，离液面较远；溶解度小的物质在滤纸上扩散的慢，离液面较近。
1、提取液：丙酮5ml。层析液：石油醚。
2、在做叶绿体色素分离时用到,将叶片碾碎，浸出绿色液体，将液体与层析液（石油醚）混合，将滤纸一段进入混合液体，四种色素在层析液中的溶解度不同，在滤纸上留下4条色素带。由此观查出各种色素的相对含量和种类。
3、纸层析法一般用于叶绿体中色素的分离，叶绿体中色素主要包括胡萝卜素、叶黄素、叶绿素a、叶绿素b，它们在层析液中的溶解度不同，溶解度大的随层析液在滤纸上扩散地快，反之则慢；含量较多者色素带也较宽。最后在滤纸上留下4条色素带，所以利用纸层析法能清楚地将叶绿体中的色素分离。叶绿素提取后的色素带分布：最上端橙**为胡萝卜素，其次**为叶黄素，再下面蓝绿色为叶绿素a，最后的黄绿色为叶绿素b。
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