怎样用r软件包ade4做主成分分析图

怎样用r软件包ade4做主成分分析图,第1张

因子分析---选项中有一项是特征根植大于1 或者说是指定主成分个数,默认是提取的特征根植为1, 你改成 下面的指定主成分个数那一项就可以了 你想指定几项都可以 不过要小于所有变量个数 Fp = a1iZX1 + a2iZX2 + …… + apiZXp 其中a1i, a2i, ……。

这个散点图每个点代表每个原始变量,

x轴值是此变量与第一主成分的相关系数,

y轴值是此变量与第二主成分的相关系数,

所以这个点越接近哪个轴,就说明这个变量跟相应的主成分越相关。

 

 

1 “PCAdatatxt”基因表达值矩阵。其中第一列为基因名称,这里以ensembl id作为指代;其余各列记录了RNA-seq获得的各基因在各样本中的表达量信息。

2 “grouptxt” 则为样本分组文件,记录了样本所属的不同分组。

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