我这个周末在测试这个软件，似乎问题很多（更正：我在windows xp上用cygwin编译手动加入几个h，简单的修改了一下AXT转换器源代码后编译成功，转换后的文件用来计算kaks时不再报序列长度不相等错误。Linux/Ubuntu上 也需要手动加入几个h文件就解决问题了不需要修改任何代码有点奇怪，这可能是大家都不喜欢windows的原因（GCC v43）, 这个程序写的很不错，作者很有才华）。
你的问题可能是序列格式错误引起的。
尝试如下方法：
你可以用clustalX存为aln格式，然后用其自带的AXT (我已经编译成windows可执行文件，见附件)转换器。然后再作为输入运行kaks计算器。应该没有问题。
Note: 重新用MinGW编译了，在 winxp sp3 DOS 下测试可以运行。需要的同学可以重新下载。
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