进化树
先将序列Fasta格式放在txt文本里保存
美吉31打开，Alignment Explorer/clustal
create a new alignment OK
No for Protein
右侧上角后一个文件夹框插入序列
关闭No
Yes save the data to MEGA
yes open the data in MEGA
关闭
Phylogeny 第二个或第三个Interior Branch Test of PhylogenyNeighbor joining Treecompute
Imagesave as EMF格式
1、进化树分析。利用基因序列和氨基酸序列做一下进化树；
2、如果已经有了某个木聚糖酶的三维或四维结构，可以进行蛋白质模拟构象
别的也想不起来了
补充：1、进化树分析不只是做一个比对，而是对蛋白的进化过程做出图谱，建议查一下相关的期刊了解一下；
2、有专门的软件做三维四维结构，但必须有已知结构的同源蛋白做为建模的基础。也可以根据一级结构分析蛋白质的二级结构，二硫键等。
亮度低了。
将亮度调高即可显示完全。进化树的构建方法：
1、在NCBI上搜索所需的目的序列。
2、以Metallothionein（MT）为例，将所需目的序列复制到Word上。
3、下一步用MEGA7构建进化树。首先打开MEGA，然后点击Align，点击Edit/BuildAlignment，然后在弹出的小框中选择Createanewalignment，点击OK，根据你的需求选择Protein或DNA，如果比对的是核酸则点击DNA，若是蛋白质则点Protein。在此以Protein为例。
4、点击Protein，然后将目的序列粘贴。
5、点击Date菜单中的PhylogenticAnalysis点击Yes，然后在主菜单中点击Analysis，点击Phylogeny并选择第二个。点击YES，然后在弹出的框中点击compute。
6、进化树构建完成。
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