引发体和RNA引物

引发体和RNA引物,第1张

① 引发酶、RNA引物酶、引物酶是同一种酶。

② 引发体由引发前体(前引发体)和引发酶组成。在DNA复制时,一般首先形成前引发体。具体过程为:Dna A蛋白首先识别并结合于DNA 的复制原点(Ori C),随后Dna B(解旋酶)、 Dna C、SSB、DNA旋转酶、HU蛋白等相继结合,组成前引发体,并沿着5′→3′方向解开DNA双链。

形成前引发体并解开一小段DNA双螺旋后,引发酶结合到复制叉上,与前引发体共同组成引发体,开始RNA引物的合成。

③ 引发酶是一种依赖DNA的RNA聚合酶,因此其合成的RNA引物是和DNA模板互补配对的,而非固定顺序的RNA序列

引发体(primosome)是DNA复制过程中的一种负责专一性引发的多酶复合物,位于复制叉的前端,能够生成后随链冈崎片段合成必需的RNA引物,主要成分为引物酶(如DnaG)以及DNA解旋酶(如DnaB)等。

正向引物,反向引物。

引物自身及引物之间不应存在互补序列。连续互补的碱基应该要少于4 个。引物应使其G值不要太高,G值越大,则双链越稳定。

引物长度和GC 含量要适中。引物长度大概为18~28 bp,但不应大于38 bp,引物过短会影响到扩增的特异性,太长的话其延伸温度将会大于74 ℃,不利Taq 酶的催化反应。若扩增产物为4~5 kb,引物最好不要少于24bp。

扩展资料:

注意事项:

1、引物的长度一般为15-30 bp,常用的是18-27 (22)bp,但不应大于38,因为过长会导致其延伸温度大于74℃,不适于Taq DNA聚合酶进行反应。 

2、碱基要随机分布:引物序列在模板内应当没有相似性较高,尤其是3’端相似性较高的序列,否则容易导致错误引发(False priming)。降低引物与模板相似性的一种方法是,引物中四种碱基的分布最好是随机的,不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。

3、3′端不应超过3个连续的G或C,如GGG或CCC,因这样会使引物在GC富集序列区错误引发。

4、引物3’端的末位碱基对Taq酶的DNA合成效率有较大的影响。不同的末位碱基在错配位置导致不同的扩增效率,末位碱基为A的错配效率明显高于其他3个碱基,因此应当避免在引物的3’端使用碱基A。

-引物设计

-正向引物

-反向引物

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