通过Prokka对基因组数据进行注释并提取16S序列

直接通过conda安装 prokka

直接使用 prokka 进行基因注释

最后的输出结果：

可以查看得到的 gff 文件是否有 16S 这个关键信息，发现我们得到的注释基因组里面有多个拷贝。

对GFF注释文件的解析：

得到一个 PROKKA_12122021fnafai 文件，于是接下来便通过samtools工具截取gff文件中提示的16S的序列，以编号为 ID=FHNIADIC_00822 的数据集举例。

最后得到对应位置的序列，可以另行保存为fasta格式，另外可以看一下序列的大小，显示为 1537bp

同样，我们可以再看一条显示为16S的序列，以编号为 ID=FHNIADIC_01508 举例

对应的序列信息，同样序列大小为 1537 bp

通过比较发现，通过不同位置提取的16S序列都是一样的，当然也可以将contig里面所有的负链区域全部提取出来，然后再对其进行多序列比对进行比较。

首先将对应的位置提取出来

接着提取出序列信息

然后进行多序列比对，发现对于来源于同一种的多拷贝序列中的16S序列也不是完全一样的。

可以参考的链接： https://wwwjianshucom/p/8f4061c38508

http://tiramisutesgithubio/2016/03/18/bedtoolshtml

https://wwwjianshucom/p/11b8804e570d

主要看： http://tiramisutesgithubio/2016/03/18/bedtoolshtml

刷机准备工作

1、下载刷机工具和红米手机IIMEI串号修改或修复软件

2、下载红米线刷包

3、下载刷机驱动程序

刷机教程

1、首先安装好驱动程序。

2、第二步就是采用MTK线刷工具

3、线刷过程神马的在这里就不说了,不会的童鞋可以用论坛的搜索，再次警告没事不要线刷玩，丢失基带串号要返厂的同学可以尝试，左上角有个格式化

4、开始只是点了最后一项，怎么线刷都是错误，刷了不下50便啊，后来干脆，三个选项都选一下，最后选了格式化整个闪存，可以线刷官方分区包，但必须刷780MB的那个，因为这个里面带基带,这个很重要，点下载，对，是下载，不是升级，然后刷机后开机，这个时候串号还是丢失，但卡放在里面可以打电话，有信号了，接着我们看另一个教程。

5、里面的里面的AP BP文件要选我提供包里的，因为这个是从780MB线刷里提取出来的，借用一个朋友的永久找回红米的IMEI号、修改MAC及蓝牙，真正有效的方法及工具的帖子，这里对他致敬。按照帖子里的教程，用他的AP BP文件总不行，就尝试用线刷包里的，谁知道一次好使，按照的设置，手机关机，拿掉电池，然后再安上，{查了很多帖子，有说不放电池的，有说连接后放电池的，有说开机按住下键的，这里我都试验了，我只说我好使得办法}电池放在手机里，直接插上数据线，就看数据流再动，下面变绿色，这个时候就刷进串号了，然后不要拔掉数据线，继续第3步-第6步，在看到绿色，这样才刷好，卡刷不掉的串号，不然卡刷会掉，然后你的手机就像刚买的一样了，又试了试那个分区软件，原版miui还是不

肯定有问题啦！

自己刷吧教程如下，刷机包在motobbs或moto。IT168里面自己找吧，包包很全！

驱动（目的在于让电脑识别手机）

下载地址： （推荐迅雷下载）

2RSD（刷机工具） RSD41（目前最新版本）（下载时，瑞星会报毒，其他杀软好象不会，请放心使用）

下载地址：;highlight=RSD

3刷机包（不要再发贴问什么包最好了，各包有各包的优点，自己可以结合各包的说明来参考）

刷机包索引贴：;extra=page%3D11刷机很费电，充满电最佳。

2如果不备份短信，只需要把通讯录中的电话全部转移到SIM卡上即可。

（方法：进通讯录---选项---查看方式---手机联系人；然后 选项---管理联系人---复制全部到SIM卡）

另外 有人说过刷之前最好把内存卡取出来 3D也这么说过 本人刷机的时候没取过 不过为了安全起见 还是最好取出来

SIM卡没必要

如果要备份短信之类的东西，请使用MPT，下载地址和教程见此贴：

;extra=page%3D1 （在二楼）

（个人感觉没必要只为了几条短信而浪费那么长时间来用MPT来备份）

3安装驱动和RSD 这个就不用多说了吧 下载好后 直接点击就可安装

PS：有的电脑系统优化过以后，装不上RSD，解决方法看此贴：

;extra=page%3D1

开始刷机：

1将手机关机，按住语音键别松开，然后同时按开机键，进入如下界面：此模式为AP界面

2过几秒钟后，单独按下语音键，进入如下界面：此模式为BP界面

3用数据线将手机连接电脑

4打开RSD，即电脑桌面上的这个图标：

5点击RSD上方的 找到刷机包路径

选择后缀为“shx”的文件打开或双击（此文件为BP文件）

6点击 开刷

7等到RSD提示 或者提示“PASS” 刷BP结束

8拔数据线 扣下手机电池 重装上 做第1步 即进AP界面

9用数据线连接电脑

10点击 找到刷机包路径

选择后缀为“sbf”的文件打开或双击（此文件为AP文件）

11点击 开刷

12等到RSD提示 或者提示“PASS” 刷AP结束 至此 整个刷机过程结束

注意：如果刷的是一体包(没有shx文件) 则做到第4步时 看到RSD识别手机之后 拔线 跳过5、6、7步，直接从第8步开始做 直至刷机完全结束（总的来说 刷一体包是在AP下刷的 但是必须要在刷之前进BP连下电脑 这样做的目的是为了找BP驱动 否则BP将刷不进去）

强烈注意：

①刷机过程中手机黑屏属于正常现象

②在刷机即将结束时 手机会自动开机进入充电状态

千万不要这个时候拔线 要一直等到RSD提示刷机成功时才拔下数据线

③ 如果提示“FAIL” 则表示刷机失败 重刷即可 最好把驱动卸载后重装一下 以免是驱动原因

④刷机过程中RSD有时候进度会很慢 像是停止了 其实是正常的 只要不出现“FAIL”

就一直等就可以了 一直到刷机结束

⑤有人在刷机过程中会一直提示安装硬件 就一直点确定安装就可以了

如果不想让电脑提示这些 右键点击“我的电脑” 选择上面的“硬件”选项卡

然后再点击中间的“驱动程序签名”

在弹出的对话框中选择“忽略”就可以了 这样在刷机过程中就会自动安装硬件而不提示了

另补充一点：刷机包有一体包和AP、BP包之分 如果刷机包中只有"sbf"文件 则是一体包 如果除此之外另有个后缀为"shx"文件 那么 此刷机包的AP和BP是分开的 这两种包的刷机方法略有不同 上面已做说明！

刷机有一定的风险，不过理论上E2刷不死，祝你成功！

https://wwwjianshucom/p/9f96fc7438aa

需要用到第一步生成的NB-ARC基因ID文件，由于是是可变剪切，所以需要把上图的后面的删掉再去重复，之后的文件用于到gff文件中查找位置信息（也可以拿到excel中完成）。

首先我们看一下拟南芥的gff文件。

最终提取出来的seq也有一点差别。

genecis_1500bp文件类容就是我们需要的。

之后就可以那这个文件里的序列到PLCAE及Plant CARE在线的网站上去搜索，最后筛选你需要的作用元件。

网站

顺式作用元件较多时可以根据功能注释进行筛选，选择自己感兴趣的顺式作用元件进行类似下图可视化作图（具体作图操作下期介绍）。

将我们在在线网站上预测的数据转换成上面的数据。

最后将结果导入到AI中美化。

因为格式不正确。

webp格式的，这是一种比jpeg更小的格式，然而很多阅读器不支持，并且不能直接加载到pdf编辑器或者ppt中。webp格式文件不能直接导入到ppt或者pdf中，需要转换为常规格式，例如png。