Ks值用TBtools计算不出来？讲一个故事

Ka，Ks （或Dn，Ds），这两个值以及他们的比值分别被赋予了一定的生物学意义。其中最为常用的是 两者的比值 ，存在这么一种常见认知：

注意到 >> 和 << ，这两个符号事实上是在暗示显著大于或者显著小于，毕竟 差异是绝对存在的，但差异是不一定显著的 。

同样被经常提及的指标择是， 非同义突变率Ks 。存在这么一种认知，前提假设： 选择压力往往会作用于蛋白水平 ，可以认为： 如果核酸水平发生了突变，同时没有改变氨基酸序列，那么不受选择压的影响 。(当然，这是多数情况。目前关于非编码序列的研究，不影响这个认知的主要假设）。既然不受选择压，那么所有突变可以在一定的时间尺度（以mya为单位计算）很好地被保留。通过公认的突变时间（比如有化石支撑的演化时间）校准出相应的核酸突变速率（突变数目/时间长度），那么就可以通过对当前序列之间的突变数目，反推序列之间的分歧时间，进而作为物种分化时间的佐证。（当然，我们也知道，分子进化时间和物种分化时间不完全一致）。

很好，费了一大段话说明ka和ks，那么就进入主题。

我当然不会拒绝，

随着高通量测序的普及，我们可以非常方便地拿到大量基因序列。于是会有更多人开始去使用一些软件，试图得到一些结果，并用于探索相应的生物学问题。 使用工具，是人与动物的差别 ， 善于使用工具，或许是人与人之间的差别 。无论如何，正确的使用软件，或许是拿到正确结果的基本要求。（比如，存在部分人一直用blast，却根本不知道blast的局限和所长，参数也不会调；当然，这不是问题，因为blast的默认参数已经可以适用于大多数比对场景）。

KaKs的计算逻辑，其实很容易找到。最经典的莫过于NG法。具体可参考

但是无论使用什么算法，codon alignment是一定要的。因为 codon对 是基本计算单元。

上述用户提供的alignments，很明显，只是核酸水平的比对结果，不能用于计算kaks，即使出结果，那么也是不正确的。

所以，正确的使用工具很重要。

第一步，打开TBtools

随后设置输入文件

设置输出文件，注意必须设置文件路径而不仅仅是某个目录

点击Start即可，TBtools会对 基因对 进行逐对处理，首先是蛋白比对，随后是转换成codon alignment，最后是计算，并输出结果。

Done! 祝我生日快乐！今天早上好像一下子好几个大流找我

OK，一个小时就这么过去了。推文写完了，早餐也吃完了。干课题了。如果你想要这两个序列，那么你需要加入到TBtools使用交流QQ群 831029231。

欢迎访问本课题组网站

园艺植物小分子RNA与基因组研究 -夏瑞课题组

课题组主页： http://xialabscaueducn/

当然是真能控油

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